O bairro começa com a Aldeia de Ururaí, formada por índios guaianases que haviam deixado os arredores do Colégio Jesuíta de São Paulo. Ururaí era como os índios denominavam o Rio Tietê, que margeia a região. Por volta de 1560, para marcar presença cristã na aldeia dos guaianases, o padre José de Anchieta construiu uma capela na região, batizada de São Miguel, nome de seu arcanjo de devoção. O bairro de São Miguel Paulista começou a crescer ao redor da capela.